测评文章丨真迈生物GenoLab M转录组测序
时间:
2021-11-22
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11月17日,真迈生物联合北京果壳生物科技有限公司开展的转录组测序平台检测性能对比研究成果在线发表于《BMC Genomics》。该研究利用多款商业化RNA文库制备试剂盒基于3个模式物种(人、小鼠、大豆)构建了16个RNA文库,每个文库分别使用GenoLab M和NovaSeq 6000测序平台进行检测,研究结果表明GenoLab M对多款商业化RNA文库制备试剂盒具有良好的兼容性,在测序数据基因组比对率、基因检出数量、基因表达定量、可变剪切检测等指标上与NovaSeq 6000拥有较高的一致性。

以下为文章解读:

01研究策略

样本:人肝脏星状细胞、小鼠睾丸组织、大豆毛状根。

构建mRNA文库:采用4种商业化RNA文库制备试剂盒构建10个mRNA文库。

构建LncRNA文库:采用3种去rRNA试剂盒、3种商业化RNA文库制备试剂盒构建6个lncRNA文库。

样本检测:每个文库分别使用GenoLab M(PE100)和NovaSeq 6000(PE150)进行检测,数据量要求>5Gb clean data/样本。

分析内容:评估两平台测序数据的测序质量、转录本覆盖、基因表达、可变剪切事件等表现。

表1 样本和建库试剂盒信息汇总

测评文章丨真迈生物GenoLab M转录组测序


02基础数据分析

GenoLab M测序数据基因组比对率平均为91.80%,与NovaSeq 6000持平。在基因组唯一比对率(Unique mapped rate)上,该指标受本次两平台检测读长差异的影响,NovaSeq 6000略高于GenoLab M(图2)。两个测序平台在基因覆盖随机性(图3)、基因表达密度分布上有较高的一致性(图4)。

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图2 测序数据唯一比对率统计

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图3 基因覆盖随机性表现

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图4 基因表达密度分布



03基因检出、基因定量

对GenoLab M和NovaSeq 6000测序数据的基因检出和定量结果进行分析,两平台的mRNA测序数据拥有较高的共有基因比例和基因表达定量相关性(图5A、图6ABC)。但由于LncRNA分析软件StringTie对新LncRNA预测有读长偏好性,受本次检测两平台读长差异的影响,LncRNA测序数据的共有基因比例和基因定量相关性较低。

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图5 小鼠基因检测结果比较

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图6 两个平台基因定量结果相关性分析




04可变剪切检测

对GenoLab M和NovaSeq 6000测序数据的可变剪切事件进行分析,两平台在可变剪切数量和种类上均无显著性差异(图7)。

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图7 两个平台可变剪切结果比较


转录组测序技术可以揭示机体不同生命阶段、不同组织类型、不同生理状态下的基因表达情况。如今,该技术已经广泛的应用在了疾病研究、药物开发、分子育种等领域。本次研究表明GenoLab M对多款商业化RNA文库制备试剂盒具有良好的兼容性,能高效准确的开展转录组测序研究。


关于GenoLab M

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文章:

Y Liu, R Han, L Zhou, M Luo, L Zeng, X Zhao, Y Ma, Z Zhou, L Sun. Comparative performance of the GenoLab M and NovaSeq 6000 sequencing platforms for transcriptome and LncRNA analysis. BMC Genomics, 22: 829 (2021) 


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