近日,真迈生物联合深圳市环境科学研究院在Frontiers in Environmental Science上发表题为“Water filter: A rapid water environmental DNA collector in the field”的科研成果,系统描述了一款新型便携式eDNA富集仪——GM dual-channel water filter(以下简称为GM eDNA富集仪)的基本组成及工作流程,并提供了一系列基准测试的比较。
该eDNA富集仪可用于野外大体积水样的快速过滤(使用0.22 μm过滤膜,实现10分钟内完成10升水的过滤),并配备一套适用于大型滤膜(ø100 mm)的DNA提取试剂盒(GM Water Filter DNA Extraction Kit,以下简称为GM提取试剂盒),在野外水样采集和生物多样性监测领域具有显著优势:
1.有效减少过滤时间,显著提升采样效率,为快速响应野外作业需求提供了保障;
2.减少了对大体积水样运输的依赖,避免了长途运输可能对样本造成的污染和降解风险;
3.保护eDNA完整性,快速过滤最大限度地减缓了eDNA的降解,确保了eDNA分子的完整性,为后续的物种注释和生物监测提供了可靠的基础。
这项创新简化了大体积水样eDNA收集的流程,为生物多样性监测和物种保护工作提供了有力的技术支持。
环境DNA(Environmental DNA,eDNA)是生物与环境相互作用时留下的微量DNA,可以从各种环境样品(土壤、沉积物和水体等)中获取。水生生态系统是人类赖以生存和发展的重要自然资源之一。通过直接提取水环境中的DNA片段,然后利用高通量测序技术进行生物物种的定性或定量分析,已经成为一种新的水生生物调查方法,在生物入侵的防治、濒危物种的保护、生物多样性的调查以及生物量的评估等方面具有广泛应用。
水环境eDNA分析通常需要将水样过滤,使eDNA被截留在滤膜上,并通过保存滤膜实现eDNA的采集。采样体积通常在15 ml至10 L之间,1-2 L的采样量最常见。对于稀有物种,需要增加采样体积以提升eDNA的浓度。因此,能够在野外迅速完成大体积水样的过滤对于后续eDNA提取和测序工作都至关重要,有助于确保eDNA的完整性和测序的质量。已报道的背负式eDNA采样设备Smith-Root ANDe™ system,流速阈值为1.0 L/min,虽提高了采样速度,并将eDNA的污染风险降至最低。然而,该系统适配的滤膜孔径为1 µm和5 µm,不是通常eDNA研究中使用的小孔径滤膜(0.22或0.45 µm)。另外一款已报道的便携式水生eDNA过滤系统包含一个便携式泵,可适配0.22 µm或0.45 µm Sterivex过滤器,无阻碍过滤速率分别为150.05±7.01 mL/min和151.70±6.72 mL/min。显而易见,对于大体积水样的野外过滤来说,这个速率仍然很慢。
GM eDNA富集仪是一款创新的eDNA采样设备,设计小巧便携,适合野外作业。配备9000 mA的高容量锂电池,可支持双通道同时运行5小时,适配0.22 µm或0.45 µm孔径的滤膜,并提供高达1 L/min的过滤速率,实现10分钟之内完成10 L水体的过滤,满足野外eDNA的高效富集需求。
本设备由电池、开关、蠕动泵、过滤装置、连接管路、计时器、压力监控装置、进水口、出水口、滤板等组成(图1)。主要技术参数如下:

此外,进水管配备了一个桶状滤网(120目)和一个蝶形过滤器(孔径10 µm),可用于浑浊水体的预过滤。
本设备用户界面直观,操作步骤简单,有些实验人员甚至无需阅读说明书即可使用。基本流程如下:安装前置预过滤器→连接管路→润洗/消毒→放置滤膜,启动过滤→收集/保存滤膜→清洗管路。在获得含eDNA的滤膜(直径100 mm)后,使用真迈生物团队配套研发的磁珠法DNA提取试剂盒(GM提取试剂盒),完成eDNA提取,用于后续的文库构建和高通量测序。
为深入理解浊度对过滤效率的影响,研究人员利用GM eDNA富集仪对10 L不同浊度的水体进行了系统性检测(表1),旨在揭示浊度与过滤时间之间的相关性,并评估在何种浊度条件下GM eDNA富集仪过滤性能最优。结果表明:针对浊度低于8 NTU的静止水体,GM eDNA富集仪能在10分钟内完成10 L水体的过滤工作。然而,进一步的分析发现,浊度与过滤时间之间的关系并非简单的线性关系,一些其他因素,如颗粒物的大小、形状和化学性质,都可能对过滤效率产生影响。
表1 GM eDNA富集仪完成不同浊度的10 L水体过滤所需要时间
