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全面兼容丨真迈生物SURFSeq 5000在百迈客百创空间转录组学芯片兼容性测试中表现优异
时间:
2024-05-14
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空间转录组技术,凭借成像、生物标记、测序及生物信息学等工具,精确定位组织切片中的基因表达,已成为研究细胞类型结构、分化状态、细胞间互作及疾病发育机制的关键手段。该技术屡获殊荣,如2023年入选未来十大影响世界技术,2022年荣登Nature七大瞩目技术,2020年斩获Nature Methods年度技术方法。展望未来,空间转录组技术无疑将引领科研新潮流。


近日,百迈客生物使用自主开发的空间转录组学产品百创S1000,基于真迈生物SURFSeq 5000高通量基因测序平台进行兼容性测试。结果显示在基因组唯一比对率,转录本比对率,中位基因数等各项指标上都表现出色,展现出SURFSeq 5000高通量基因测序平台与百创S1000空间转率组芯片的良好兼容性。


【测试方案】
  • 物种信息:小鼠(1例),昆虫(2例)

  • 测序策略:真迈生物SURFSeq 5000,PE150

  • 分析软件:BSTMatrix


【测试结果】

(1)测序数据质量表现优异

全面兼容丨真迈生物 SURFSeq 5000 在百迈克百创空间转录组学芯片兼容性测试中表现优异

全面兼容丨真迈生物 SURFSeq 5000 在百迈克百创空间转录组学芯片兼容性测试中表现优异



(2)空间重要参数表现出色

全面兼容丨真迈生物 SURFSeq 5000 在百迈克百创空间转录组学芯片兼容性测试中表现优异

全面兼容丨真迈生物 SURFSeq 5000 在百迈克百创空间转录组学芯片兼容性测试中表现优异


测试数据显著表明,SURFSeq 5000测序平台和百创S1000在空间聚类上展现出良好的性能表现。



(3)空间聚类展现出卓越解析度

全面兼容丨真迈生物 SURFSeq 5000 在百迈克百创空间转录组学芯片兼容性测试中表现优异

在针对中脑的单细胞级空间聚类分析中,即便在数据不饱和的条件下,使用SURFSeq 5000测序平台进行测序仍然展现出卓越的解析度,这一结果再次验证了SURFSeq 5000测序平台和百创S1000兼容性方面的出色性能。


全面兼容丨真迈生物 SURFSeq 5000 在百迈客百创空间转录组学芯片兼容性测试中表现优异


【性能进一步释放】

为了深入验证百创S1000在更高测序数据量上的性能表现,研究人员随机选取了BMK_ST_9(鼠脑)样本在SURFSeq 5000测序平台上进行了数据加测(Nnumber of  Rreads:5,094,460,583)。经过详尽分析发现,无论在任何分辨率下,这些数据均展现出卓越的空间解析能力,进一步确认了SURFSeq 5000测序平台与百创S1000卓越的兼容性和性能表现。


(1)百创空间多级分辨率结果

全面兼容丨真迈生物 SURFSeq 5000 在百迈克百创空间转录组学芯片兼容性测试中表现优异

百创S1000基于SURFSeq 5000测序平台的多级分辨率统计表

全面兼容丨真迈生物 SURFSeq 5000 在百迈客百创空间转录组学芯片兼容性测试中表现优异


全面兼容丨真迈生物 SURFSeq 5000 在百迈克百创空间转录组学芯片兼容性测试中表现优异

百创S1000基于SURFSeq 5000测序平台的多级分辨率部分聚类图



(2)“三片合一”实现细胞分割

全面兼容丨真迈生物 SURFSeq 5000 在百迈克百创空间转录组学芯片兼容性测试中表现优异

基于原片无错高清H&E+原片无错荧光+原片高通量测序,“三片合一”对样本数据进行了细胞分割分析,一共切出了68,279个细胞,单细胞级分辨率下中位基因数高达2,625,中位UMI数达6,631,全局下聚类得到28类cluster,数据表现处于领先水平。


全面兼容丨真迈生物 SURFSeq 5000 在百迈客百创空间转录组学芯片兼容性测试中表现优异


全面兼容丨真迈生物 SURFSeq 5000 在百迈客百创空间转录组学芯片兼容性测试中表现优异


本次测试展示了真迈生物SURFSeq 5000高通量基因测序平台与百迈客生物百创S1000空间转录组学产品组合应用的优秀性能。真迈生物期待与行业内合作伙伴共同打造基因测序平台应用生态联盟,充分发挥和利用各方优势,为广大用户提供全流程、最全面的解决方案。


真迈生物SURFSeq 5000

SURFSeq 5000高通量基因测序平台应用广泛,速度快,质量优,成本省。它以桌面仪器成本、小样本数量开机成本实现了与大型机器相媲美的高通量测序价格。真迈生物致力于持续满足行业对测序优化的需求,与合作伙伴深度合作,为前沿科研探索和精准医疗提供强有力的支持。


全面兼容丨真迈生物 SURFSeq 5000 在百迈客百创空间转录组学芯片兼容性测试中表现优异



百创S系列空间转录组学产品

创S系列空间转录学芯片已正式发布三款:百创S1000(per spot2.5μm,分辨率4.8μm,区域6.8mm*6.8mm),百创S2000(per spot2.5μm,分辨率4.8μm,区域11mm*11mm、15mm*20mm)以及最新的百创S3000(per spot2.5μm,分辨率3.5μm,区域6.8mm*6.8mm),相较于现在广受市场认可与好评的百创S1000转录组学芯片,百创S3000捕获位点数提升近2倍,分辨率同样提升近2倍,相同的测序饱和度下,单细胞级别分辨率下中位UMI提升了30%~70%,中位基因数提升30%-60%。并基于此,开发出了百创自己的专利技术,可以通过完全无错的原片高清明场图像 + 与明场图像完全对齐的原片荧光图像 + 原片高通量测序,“三片合一”进行精准的细胞分割,为科研工作者提供了前所未有的研究视角。


全面兼容丨真迈生物 SURFSeq 5000 在百迈客百创空间转录组学芯片兼容性测试中表现优异

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