2020年10月,真迈生物重磅发布了高通量基因测序平台 GenoLab M,GenoLab M上市一年来,其凭借精准高效、灵活开放的产品特点,已被应用于基础医学研究和肿瘤基因检测领域。
2021年11月,真迈生物公开了GenoLab M以及其配套测序试剂盒(FCM 300cycles)在生殖细胞突变检测应用方向的测试数据(点击查看),那么它在体细胞突变检测上的表现如何?今天我们为大家带来了该平台详细的测试报告。本次测试我们仍以NovaSeq(S4)和NextSeq(High-Output)为对比平台,较为全面的评估了GenoLab M以及其配套测序试剂盒 (300 cycles)在肿瘤体细胞突变检测应用上的综合性能表现。
测试报告显示真迈生物高通量测序平台GenoLab M以及其配套测序试剂盒(300 cycles)在测序数据质量、数据有效率、突变检出能力上表现优异、稳定,突变检出结果与对比平台一致性好。
01 测试方案介绍
测试用样本:肿瘤FFPE样本(Horizon Discovery HD832)
测试用Panel:商业化肿瘤大Panel(Panel size:~2Mb,涵盖关键肿瘤相关通路基因500+)
测试用平台:GenoLab M(FCM PE150)、NovaSeq(S4 PE150)、NextSeq(High-Output PE150)
测试实验:基于HD832使用商业化肿瘤大Panel试剂盒完成1个文库的构建工作,该文库(下文称为“HD832文库”)分别在GenoLab M、NovaSeq、NextSeq测序平台上机测试
数据量要求:25Gb raw data/样本
图表1 测试方案
02测试结果
测序质量表现优异、稳定
基于GenoLab M以及其配套测序试剂盒(FCM 300cycles)产出的3份Raw data的Q20均大于94%,Q30均大于85%,clean reads/raw reads比值平均大于0.9,测序质量表现优异、稳定。
图表2 GenoLab M、NovaSeq和NextSeq平台HD832文库测序质量表现
基因组目标区域覆盖均一性好、数据有效率高
将GenoLab M、NovaSeq、NextSeq的7组测试数据比对到参考基因组上,统计基因组比对率、唯一比对率、重复序列比例、目标区域捕获效率、目标区域≥1X、10X、100X、500X比例等指标,如图表3所示,GenoLab M 以及其配套测序试剂盒(FCM 300cycles)的测序数据在基因组目标区域覆盖均一性的表现上与NovaSeq、NextSeq一致,且在数据有效率方面表现更优。
图表3 GenoLab M、NovaSeq和NextSeq平台 HD832文库测试数据基因组比对结果统计
变异检出能力表现优异
如图表4所示,本次测试采用的肿瘤FFPE标准品(HD832)拥有高置信的突变集合,该集合共包含386个经NGS和/或ddPCR验证的突变位点。测试使用的肿瘤大Panel试剂盒理论上可覆盖其中212个突变位点。因此本次测试我们基于212突变位点的检出情况来评估GenoLab M以及其配套测序试剂盒(300 cycles)的变异检出能力。
图表4 HD832高置信变异集合情况
25个ddPCR验证位点检出情况:
图表5 25个ddPCR验证位点检出情况
低频突变(AF<10%)的检出情况:
图表6 低频突变位点(AF<10%)检出情况
212个突变位点检出情况:
图表7 212个突变位点检出情况
检测结果一致性评估:
图表8 检测结果一致性评估
左图:GenoLab M、NovaSeq、NextSeq 7组测试数据等位基因突变频率检出结果与7组数据均值的一致性评估
右图:GenoLab M测试数据等位基因突变频率检出结果均值与NovaSeq&NextSeq均值的一致性评估
综合上述测试结果,GenoLab M以及其配套测序试剂盒(300cycles)在测序数据质量、数据有效率、突变检出能力上表现优异、稳定,突变检测结果与NovaSeq、NextSeq平台一致性好。
后续真迈生物将发布更多GenoLab M以及其配套测序试剂盒在其他应用方向上的测试对比数据,敬请期待。
03 关于GenoLab M