文章梗概

2026年3月20日，南方海洋科学与工程广东省实验室(广州)陈凯研究员团队和深圳大学高等研究院宋宁副研究员，在Journal of Genetics and Genomics上发表了题为“Single-nucleotide transcription start sites profiling via Nascent Strand-Specific RNA sequencing uncovers IFN-γ-induced promoter dynamics”的研究论文。该研究开发了NSS-seq (Nascent Strand-Specific RNA sequencing)，一种针对新生转录本及其转录起始位点(transcription start sites, TSSs)测序的技术，兼具低成本、操作简便及耗时短等特点。该方法能够在较低细胞投入量条件下实现对新生转录本及其转录起始位点的高效捕获，为研究瞬时转录动态提供有力工具。真迈生物SURFSeq 5000平台为本研究提供了高质量的NSS-seq和总RNA-seq测序支持，为单核苷酸分辨率的转录起始位点精准定位及新生转录本的动态分析提供了坚实的数据基础。

成果解读

基因表达是一个高度动态的过程。尽管总RNA测序在解析转录调控方面提供了重要信息，但其主要反映了RNA合成与降解之间的稳态平衡，因此难以准确捕捉快速或瞬时的转录变化。这一局限性在研究细胞对外界刺激的即时响应时尤为明显，检测的滞后可能掩盖初级转录响应。相比之下，新生RNA测序通过富集正在转录的RNA，能够更直接地反映实时转录活性，从而为解析转录动态过程提供了更为灵敏和精确的策略。

该研究建立的NSS-seq技术，通过富集带帽、处于转录中的RNA，可在单核苷酸分辨率下实现对新生转录本TSS的高精度解析。结合CACortistatin A介导的Mediator激酶抑制，NSS-seq揭示了经典JAK-STAT通路的CDK8依赖性转录调控网络，鉴定出新的调控靶点。时间动态分析表明，IFN-γ诱导的转录响应具有明显的阶段性：早期以MYC等原癌基因的快速激活为特征，随后CDX1等抑癌基因被诱导表达。CDX1可能通过结合到MYC启动子上抑制其转录，形成负反馈调控，从而介导IFN-γ的肿瘤抑制效应。

NSS-seq实验流程示意图

综上所述，NSS-seq作为一种稳健且高灵敏度的新生RNA测序方法，不仅能够精确解析转录起始与启动子动态，还揭示了传统转录组分析难以捕捉的关键调控特征。该研究为解析基因转录的动态调控提供了新方法。

参考文献

Ke Sun, Luemou Shen, Junli Wang, Jiahao Zheng, Xu Zhang, Fucheng Luo, Kai Chen, Ning Song. (2026). Single-nucleotide transcription start sites profiling via Nascent Strand-Specific RNA sequencing uncovers IFN-γ-induced promoter dynamics. Journal of Genetics and Genomics.

部分内容参考JGG遗传学报相关推文