基于GenoLab M的肿瘤液体活检单细胞样本制备方法优化
时间:
2024-02-06
浏览次数:

基于GenoLab M的肿瘤液体活检单细胞样本制备方法优化



文章梗概

2023年8月,真迈生物用户俄罗斯科学院托木斯克国家研究医学中心癌症研究所的Anastasia Frolova博士在国际刊物Bulletin of Experimental Biology and Medicine在线发表题为“Preparation of a Single-Cell Suspension from Tumor Biopsy Samples for Single-Cell RNA Sequencing”的研究成果,该研究团队开发了多种肿瘤活检标本的解离方法,均成功制备了高于80%活力的细胞悬浮液,通过GenoLab M测序仪进行scRNA-seq后,最终确定了样品制备的最佳方式为:机械解离后,添加DNAase I的胶原酶/透明质酸酶混合物一起孵育60分钟。该研究优化了肿瘤活检组织制备单细胞悬浮液以进行单细胞RNA测序的方法。


背景介绍

肿瘤具有显著的细胞异质性,涉及到多种细胞类型,了解其细胞间相互作用对疾病治疗至关重要。单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单个细胞水平进行高通量转录组测序的一项新技术,能够有效解决细胞异质性以及组织转录组测序(bulk RNA-seq)被掩盖的细胞群内转录组异质性难题。近年来,scRNA-seq提供了研究肿瘤细胞生物学特性和基因表达的新视角,但只有制备出高质量的单细胞悬浮液样本,才能开展scRNA-seq研究。


*以下为该研究成果解读

结果概要

该研究优化肿瘤活检样本制备单细胞悬浮液的方法。他们通过机械离解和酶解离的组合,特别是机械离解结合胶原酶/透明质酸酶混合物的使用,最终获得了至少80%存活率的单细胞悬浮液。在获得的悬浮液样本中,进行了scRNA-seq分析,成功鉴定了不同细胞类型,包括肿瘤细胞、单核细胞、T细胞、B细胞、树突状细胞和自然杀伤细胞。图1是详细的scRNA-seq测序流程,从获得肿瘤活检组织开始到scRNA-seq测序获得不同的细胞亚群的全过程。


基于GenoLab M的肿瘤液体活检单细胞样本制备方法优化


结论

该研究为scRNA-seq提供了可靠的样本制备方法,能够获得高质量、高存活率的单细胞悬浮液。这种方法的成功为未来肿瘤生物学研究提供了重要工具,有望帮助科学家更全面地理解肿瘤细胞之间的交互作用和基因表达差异,为个性化医疗和肿瘤治疗策略的设定提供支持。


参考文献

Frolova A A, Gerashchenko T S, Patysheva M R, et al. Preparation of a Single-Cell Suspension from Tumor Biopsy Samples for Single-Cell RNA Sequencing[J]. Bulletin of Experimental Biology and Medicine, 2023, 175(4): 519-523.


相关推荐
基于GenoLab M的全基因组测序揭示假单胞菌降解全氟羧酸的生物学机制
文章梗概真迈生物用户俄罗斯科学院乌法联邦研究中心在国际期刊——toxics上发表题为“Biodegradation Potential of C7-C10 Pe...
基于GenoLab M的肿瘤液体活检单细胞样本制备方法优化
文章梗概2023年8月,真迈生物用户俄罗斯科学院托木斯克国家研究医学中心癌症研究所的Anastasia Frolova博士在国际刊物Bulletin of Ex...
全基因组测序揭示益生菌制剂对抗霉菌毒素的机制
文章梗概真迈生物用户俄罗斯南部联邦大学在Agriculture期刊上发表题为“Development of Synbiotic Preparations Tha...
系统评估测序平台与分析软件对肿瘤Panel检测的影响
文章梗概近日,真迈生物与合作单位上海交通大学医学院附属第一人民医院在Frontiers in Genetics的Genomic Assay Technology...