FWAlgaeDB目前包含来自于7个门204个物种的淡水藻类。其中，生物学特征信息来源于NCBI，公共数据库以及已发表的文献。基因组序列从NCBI下载，CDS及Protein序列一部分来源于NCBI已公布的文件（84个物种），另一部分来源于我们的基因预测（120个物种）。此外，我们对每个物种都进行了功能注释（NR，Swiss-Prot，GO，KEGG，COG和KOG），以帮助了解基因功能层面的信息。

图1 数据库中204个藻类物种的分类及丰度

FWAlgaeDB包括搜索模块、BLAST比对分析、基因组数据集(FWAlgae pool)/功能注释文件(annotation)模块，可以实现网站内的快速检索、相似性比对及基因组/注释文件的免费下载。

图2 数据库搭建流程图

FWAlgaeDB集成了一个智能搜索模块，可以帮助研究人员快速检索感兴趣的数据。FWAlgaeDB支持不同的搜索方法：①输入分类学术语检索（支持不同分类学水平，如纲，目，科，属等），网站会输出相应水平上的物种列表以供选择。研究人员确定目标物种后，可以点击并跳转到特定页面浏览、下载相关数据。②精确检索，通过物种的科学名称、数据库编号或NCBI分类号来精确检索物种信息。FWAlgaeDB使用模糊匹配算法，即使搜索字符串或拼写不完整，也可以根据潜在相关性输出搜索结果。

展示204个淡水藻类的分类信息和基因组序列。淡水藻类的属和种按字母顺序排列在浏览界面上。每个物种都链接到一个特定的页面，包含其生物分类学信息、生活环境、NCBI登录号、地理分布、参考图片和相关文献，以及可下载的基因组序列。在本页面，研究人员可以下载相应的FASTA格式的基因组序列。此外，单击藻类名称将直接进入Annotation下载界面。

图3 FWAlgae pool界面展示

注释界面以表格形式呈现，研究人员可以单独选择或一键打包Genome、CDS、Protein和不同的数据库注释文件进行下载。为了更好地了解藻类基因组信息，我们还收集并注释了204种藻类的主要基因家族，包括ABC transport、细胞色素p450、转座酶、藻毒素基因簇等，供研究人员免费下载使用。本页内嵌的搜索工具也支持通过物种名称或数据库ID进行精确搜索。

图4 注释文件展示和下载界面

FWAlgaeDB集成了BLASTN/BLASTP比对工具，研究人员能够将待查询序列(核苷酸或氨基酸序列)与整个数据库进行比对，并获得BLAST比对报告。研究人员可以在操作界面中粘贴FASTA序列或上传序列文件，快速搜索数据库中与待查询基因组或蛋白质序列相匹配的物种列表。数据库支持BLASTN、MEGABLAST和Discontiguous MEGABLAST比对，且可以使用高级命令行参数对搜索进行优化。

图5 BLAST比对分析展示